دانشگاه شهید مطهری که با نام‌های مدرسه‌عالی شهید مطهری و مدرسه سپهسالار نیز شناخته می‌شود، از مؤسسات آموزش‌عالی و دانشگاهی مصوبِ وزارت علوم، تحقیقات و فن‌آوری است.
ازآنجاکه آیت‌الله امامی کاشانی؛ تولیت محترم مدرسه‌عالی همواره عنایت خاصی به آموزش علوم دینیه و معارف اسلامی برای خواهران داشته‌اند، با اهتمام معظم له، در سال ۱۳۵۹ واحد خواهران مدرسه‌عالی در تهران با رویکرد آموزش علوم حوزوی در مقطع کارشناسی آغاز به کار کرد و برای یک دوره ۶ ساله و به دو شیوه پاره‌وقت و تمام‌وقت برنامه‌ریزی شد و در دو رشته فقه و حقوق اسلامی و فلسفه و حکمت اسلامی مورد تأیید وزارت علوم قرار گرفت؛ بدین ترتیب، دانش‌آموختگان این مجموعه، ضمن تعلیم دروس حوزوی، موفق به اخذ مدرک کارشناسی از وزارت علوم گردیدند.
به موازات این امر، از سال ۱۳۶۲ دبیرستان علوم معارف اسلامی با عنایت تولیت محترم فعالیت خود را آغاز نمود و در سال ۱۳۶۶ اولین دوره فارغ‌التحصیلان آن با موفقیت به دانشگاه شهید مطهری واحد خواهران تهران و سایر دانشگاه‌های راه‌یافته و مشغول به تحصیل در مقطع کارشناسی گردیدند. تا آن‌که در سال ۱۳۸۹، رشته روانشناسی نیز به رشته‌های تحصیلی این دانشگاه افزوده شد و مورد استقبال قابل‌توجهی از سوی متقاضیان کنکور سراسری قرار گرفت.
