تاریخچه
مدرسه‌عالی و دانشگاه شهید مطهری یکی از مهم‌ترین مراکز علوم عقلی و نقلی در سده اخیر است که از مؤسسات آموزش عالی و دانشگاهی مصوب وزارت علوم، تحقیقات و فن‌آوری به شمار می‌آید. این مدرسه به وسیله میرزا حسین‌خان سپهسالار در سال ۱۲۵۷ هـ.ش بر اساس نهاد وقف، بنیان نهاده شد. از این رو به مدرسه سپهسالار نیز شهرت دارد.
پس از انقلاب اسلامی آیت‌الله امام کاشانی؛ توسط امام خمینی (ره) به سمت تولیت مدرسه‌عالی منصوب گردیدند و این سمت در زمان مقام معظم رهبری ابقاء گردید.
با اهتمام تولیت محترم، واحد خواهران مدرسه‌عالی در سال ۱۳۵۹ با رویکرد آموزش دروس حوزوی در مقطع کارشناسی در تهران آغاز به کار کرد و برای یک دوره ۶ ساله و به دو شیوه پاره‌وقت و تمام‌وقت طراحی شد و در دو رشته فقه و حقوق اسلامی و فلسفه و حکمت اسلامی مورد تأیید وزارت علوم قرار گرفت؛ بدین ترتیب، دانش‌آموختگان این مجموعه، ضمن تعلیم دروس حوزوی، موفق به اخذ مدرک کارشناسی از وزارت علوم گردیدند.
به موازات این امر، از سال ۱۳۶۲ دبیرستان علوم و معارف اسلامی با عنایت تولیت محترم آغاز به کار کرد و در سال ۱۳۶۶ اولین دوره‌ی فارغ‌التحصیلان آن با موفقیت به دانشگاه شهید مطهری واحد خواهران و سایر دانشگاه‌های کشور راه یافتند و مشغول به تحصیل در مقطع کارشناسی گردیدند. تا آنکه در سال ۱۳۸۹ رشته روانشناسی نیز به رشته‌های تحصیلی این دانشگاه افزوده شد و مورد استقبال قابل توجهی از سوی متقاضیان کنکور سراسری قرار گرفت.
علاوه بر آموزش رایگان در دوره روزانه، تفکیک جنسیتی در دانشگاه شهید مطهری و همچنین رویکرد حوزوی توأم با ساختار دانشگاهی سبب گردیده هر ساله متقاضیان زیادی از طریق آزمون سراسری وزارت علوم، این دانشگاه را در اولویت‌های خود قرار داده که از میان آن‌ها، دانشجویان مستعد و علاقه‌مند از طریق مصاحبه علمی بدان راه پیدا می‌کنند.
فارغ‌التحصیلان از واحد خواهران، قادر خواهند بود در دو رشته‌ی فلسفه و حکمت اسلامی و فقه و حقوق اسلامی، در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری، در دانشگاه شهید مطهری و سایر دانشگاه‌های دولتی ادامه تحصیل دهند. همچنین فارغ‌التحصیلان رشته روانشناسی، موفقیت‌های چشمگیری در مقاطع بالاتر در دانشگاه‌های رسمی کشور به دست می‌آورند. بدین ترتیب برخی از دانش‌آموختگان این دانشگاه، موفق به جذب در هیئت‌علمی و همچنین کادر اجرائی مجموعه می‌گردند. همچنین عده‌ی زیادی از بانوان فارغ‌التحصیل از دانشگاه شهید مطهری مشغول به فعالیت در مراکز علمی، آموزشی و پژوهشی و سایر نهادها می‌باشند.