بخش اول: کلیات؛ فصل اول اهمیت مسئله فلسطین، فصل دوم جمهوری اسلامی و مسئله فلسطین، فصل سوم صهیونیسم و اسرائیل، فصل چهارم غرب و آمریکا و صهیونیسم، فصل پنجم اسرائیل و دولت‌های عرب و مسلمان
 بخش دوم: شکست‌ها و پیروزی‌ها؛ فصل اول تاریخچه اشغال و عبرت‌ها، فصل دوم پیروزی‌ها و درس‌ها
 بخش سوم: مسئولیت‌ها؛ فصل اول مسئولیت مردم فلسطین، فصل دوم مسئولیت امت اسلامی، فصل سوم مسئولیت جمهوری اسلامی و ملّت ایران، فصل چهارم روز قدس، فصل پنجم مسئولیت دولت‌های اسلامی، فصل ششم مسئولیت رسانه‌ها، فصل هفتم مسئولیت نخبگان، فصل هشتم مسئولیت دیگر افراد و اقشار
 بخش چهارم: جنایات
 بخش پنجم: راه حل‌ها؛ فصل اول راه حل غلط، فصل دوم راه حل صحیح
 بخش ششم: قهرمانان
 بخش هفتم: روشنگری؛ فصل اول شبهات، فصل دوم نکات.
 بخش هشتم: آینده روشن

«مگر شوخی است که ملّتی را از خانه و زندگی و کشور و سرزمین خود آواره کنند، غاصب مزدور خبیثی را آنجا بنشانند، همه‌گونه به او کمک کنند، همه جنایات او را صحه بگذارند، دستشان تا مرفق در خون مردم منطقه فروبرود، به اینها هم قانع نباشند، بخواهند از مسلمانان و از صاحبان خانه امضا بگیرند که این خانه متعلق به آن غاصب است و صاحب‌خانه در آن حقی ندارد؟»

مسئله فلسطین صرفاً یک منازعه سیاسی و سرزمینی نیست بلکه یکی از دردناک‌ترین نمونه‌های نسل‌کشیِ سازمان‌یافته‌ای است که در این دوران انجام شده است. روندی که از سال ۱۹۴۸ با اعلام موجودیت رژیم غاصب صهیونیستی و «نکبت» آغاز شد و هدف اصلی‌اش پاک‌سازی قومی و تغییر بافت جمعیتی سرزمین فلسطین بود.

رژیم صهیونیستی برای انجام این جنایت نه تنها زمین و خانه‌ها را اشغال کرد بلکه دهه‌هاست قتل‌عام‌های مکرر و محاصره‌های طولانی‌مدت انجام می‌دهد و دست به نابودی نظام‌مندِ زیرساخت‌های حیاتی مردم فلسطین می‌زند. قتل‌عام صبرا و شتیلا در ۱۹۸۲، کشتار دیر یاسین در ۱۹۸۴ و بمباران‌های گسترده غزه در دهه‌های اخیر همه نمونه‌هایی از سیاست نسل‌کشی رژیم صهیونیستی است که نشان می‌دهد او هیچ ابایی از خشونت عریان و نفی موجودیت یک ملّت ندارد. استفاده از تسلیحاتِ ممنوعه جنگی و حمله به مدارس و بیمارستان‌ها و اردوگاه‌های پناهندگان نیز کاملا گویای آن است که هدف فراتر از شکست نظامی مقاومت بوده، ریشه‌کن کردن هویت ملّت فلسطین در رأس برنامه‌های آنان قرار داشته، و تلاش برای حذف تاریخ این کشور و مصادره میراث فرهنگی و تغییر نام‌ها و نمادهایش در راستای همین سیاست اشغال و کشتار انجام می‌شود. به همین دلیل فلسطین امروز نماد مظلومیت و مقاومت به شمار می‌آید.

کتاب «فلسطین از منظر آیت‌الله العظمی خامنه‌ای» در چنین بستری شکل گرفته است. این کتاب که بازتابی از جایگاه و اهمیت مسئله فلسطین در منظومه فکری و سیاسی رهبر معظم انقلاب است، فراتر از یک گردآوری تاریخی، نگرش راهبردی ایشان به مسئله فلسطین را بیان می‌کند.

این کتاب علاوه بر مستندسازی ابعاد مختلف جنایات رژیم صهیونیستی و تشریح ابعاد آن، با تحلیل راه‌های مقابله، راهبردی جامع برای مواجهه با این نسل‌کشی و احقاق حقوق ملّت فلسطین پیش روی ما می‌گذارد و در حقیقت می‌تواند یک نقشه راه برای ملل مسلمان و آزادگان جهان به شمار بیاید.

 تجدیدچاپ و ترجمه
کتاب، دو چاپ قدیم و جدید دارد و نسخه تجدیدچاپ شده‌اش تفاوت‌هایی با چاپ قدیم دارد که یکی از آنها افزوده شدن سخنرانی‌های رهبر معظم انقلاب در مورد مسئله فلسطین تا سال ۱۳۹۷ شمسی، به کتاب است. توصیفات رهبر انقلاب از قضیه فلسطین به‌عنوان معیار اساسی برای درک حقیقت سایر مواضع و مسائل، مباحث مربوط به جریان‌های تکفیری یا صحبت و نظر ایشان در مورد نابودی رژیم صهیونیستی حداکثر ظرف ۲۵ سال آینده نیز در چاپ جدید به کتاب اضافه شده است. نکته قابل توجه آن است که خواننده کتاب با دقت نظر در مواضع رهبر معظم انقلاب اسلامی درمی‌یابد طی این سال‌ها هیچ تغییر قابل توجهی در مواضع صورت نگرفته و اصول ایشان همچنان ثابت مانده است.

کتاب علاوه بر نسخه فارسی، به زبان‌های عربی و انگلیسی ترجمه شده است. ترجمه عربی کتاب نخست (در ۲۰۱۲) تحت عنوان «فلسطین فی فکر الإمام الخامنئی» و سپس (در ۲۰۱۸) تحت عنوان «فلسطین فی مواقف آیة‌الله العظمی الإمام الخامنئی» منتشر و در ششمین کنفرانس حمایت از انتفاضه ملّت فلسطین رونمایی گردید. نسخه انگلیسی کتاب نیز با بازآفرینی برخی مباحث متناسب با مخاطبان غربی منتشر شد. این ترجمه‌ها اهمیت جهانی اندیشه مقاومت و انعکاس صدای ملّت فلسطین در سطح بین المللی را نشان می‌دهد. یکی از اتفاقات جالب توجه در خصوص این کتاب، واکنش نخست‌وزیر رژیم صهیونیستی، بنیامین نتانیاهو به آن بود. او در نشست مجمع عمومی سازمان ملل (۲۰۱۵/۱۳۹۴) کتاب را در دست گرفت، آن را «جدیدترین کتاب رهبر ایران» خواند و مدعی شد: «این کتاب، چهارصد صفحه جزئیات از طرح او برای نابودی کشور اسرائیل است».

 قضیه فلسطین در نگاه و اندیشه رهبر انقلاب
کتاب به خوبی نشان می‌دهد فلسطین و حمایت از آن از نظر رهبر معظم انقلاب اسلامی، نه یک استراتژی سیاسی یا موضوع تاکتیکی یا مقطعی، بلکه مسئله‌ای اعتقادی و محوری برای جهان اسلام به شمار می‌آید و با هویت اسلامی و انسانی مسلمانان گره خورده و مسئله «عقیده و دل و ایمان» است.

معظم‌له بارها تأکید کرده‌اند: «امروز مسئله‌ی فلسطین، مسئله‌ی اول جهان اسلام است» یا: «مسئله‌ی فلسطین فوری‌ترین مسئله‌ی جهان اسلام است» یا: «امروز در زندگی مسلمین و در آفاق اسلامی هیچ مسئله‌ای به اهمیت و خطورت مسئله‌ی فلسطین نیست» و این دیدگاه ایشان از نخستین خطبه خود در نماز جمعه روز قدس سال ۱۳۵۹، تا زمان آخرین بیاناتی که در کتاب درج شده، یعنی سال ۱۳۹۷، تغییری نکرده است و ایشان طی تمام این سال‌ها همچنان به این اصول ثابت عقیده دارند که:
 سرزمین فلسطین، کشور فلسطین، یک‌جا متعلق به فلسطینی‌ها است.
 فلسطین باقی است. چند دهه‌ای غاصبان آن را غصب کردند اما بدون تردید دوباره به مردم فلسطین و به آغوش اسلام برخواهد گشت و این اتفاق خواهد افتاد.
 فلسطین تجزیه‌پذیر نیست.
 سرنوشت فلسطین باید به دست فلسطینی‌ها تعیین شود.
 رژیم صهیونیستی نامشروع است و هیچ توافقی نمی‌تواند به آن مشروعیت ببخشد.
 راه‌حل صحیح، مقاومت و همه‌پرسی عمومی است نه سازش با اشغالگران.
 حمایت از مقاومت وظیفه‌ای اسلامی و انسانی است.
 آینده از آنِ ملّت فلسطین است و رژیم صهیونیستی به اراده‌ی الهی نابود خواهد شد.
و این ثبات دیدگاه، بیانگر عمقِ اعتقادی قضیه فلسطین در اندیشه رهبر انقلاب است.

 قضیه فلسطین و بیداری اسلامی
رهبر معظم انقلاب قضیه فلسطین را معیار اصلی برای سنجش جریان‌های بیداری اسلامی و صداقت دولت‌ها و جریان‌ها و ملّت‌های مسلمان دانسته و معتقدند هر حرکت مردمی و اسلامی در منطقه، اگر نسبت به فلسطین موضع روشن نداشته باشد، در مسیر درست قرار ندارد. این معیار، مرزبندی مهمی در میان جریان‌های سیاسی و فکری ایجاد کرده و مانع از مصادره بیداری اسلامی توسط جریان‌های انحرافی شده است.

 نقد جریان‌های تکفیری
رهبر معظم انقلاب جریان‌های تکفیری را پروژه‌ای برای منحرف کردن توجه امت اسلامی از مسئله فلسطین معرفی، و تأکید کرده‌اند که این جریان‌ها با ایجاد جنگ‌های داخلی در کشورهای اسلامی، در حقیقت به نفع رژیم صهیونیستی عمل می‌کنند و یکی از اهداف اصلی آنها به حاشیه راندن مسئله فلسطین است: «حربه‌ی دشمن را از دست دشمن بگیرید. امروز شما می‌بینید تکفیر یک عاملی برای دشمنان اسلام و دشمنان امت اسلامی است؛ نه فقط شیعه [بلکه] اهل سنت را هم تکفیر می‌کنند... برای اینکه مردم را و مسلمان‌ها را به هم مشغول کنند تا غافل بشوند از مسئله‌ی مهم فلسطین».

 راه‌حل نهایی: همه‌پرسی
یکی از مهم‌ترین بخش‌های کتاب، طرح راه‌حل نهایی مسئله فلسطین از دیدگاه رهبر انقلاب است. ایشان مذاکره با صهیونیست‌ها را رد کرده‌اند و از غزه به‌عنوان یک نمونه یاد می‌کنند: «همین تهاجم بی امان و ظالمانه به غزه ـ که به ظاهر در ذیل یک قراردادی آنها را به دست فلسطینی‌ها برگرداندند و حالا دارند اینطور با آنها رفتار می‌کنند ـ باید نشان بدهد که آخر و عاقبت مذاکره با اسراییل غاصب و صهیونیست‌ها چیست. بعضی‌ها می‌گویند با مذاکره مشکلاتمان را با صهیونیست‌ها حل کنیم. بفرمایید این هم مذاکره!»

و در نهایت برگزاری همه‌پرسی عمومی و انتخاب ساختار نظام در فلسطین با حضور همه صاحبان حق در سرزمین فلسطین، اعم از مسلمان و مسیحی و یهودی، را راه‌حلی عادلانه و منطقی عنوان می‌کنند. این طرح نه‌تنها پشتوانه اسلامی دارد، بلکه از منظر حقوق بین‌الملل هم قابل دفاع است. تأکید ایشان بر این نکته که: «اسرائیل نشان داده است که به هیچ امضای خود پایبند نیست، اگر توافق هم بکنند، امضا هم بکنند، پایبند نمی‌ماند» نشان می‌دهد تنها راه واقعی، مراجعه به اراده ملّت فلسطین است:
«راه حل مسئله‌ی فلسطین، راه حل‌های تحمیلی و دروغین نیست. تنها راه حل مسئله‌ی فلسطین این است که مردم واقعی فلسطین ـ نه مهاجران غاصب و اشغالگر ـ چه آنهایی که در داخل فلسطین ماندند، چه آنهایی که در بیرون فلسطین هستند، خود نظام حاکم بر کشورشان را تعیین کنند.»