کتاب کوثر اربعین در سه بخش تهیه و تنظیم شده است:

1. کلیات ، شامل مباحثی مانند چیستی، اهمیت، حکمت، آداب و آثار زیارت

2. زیارت امام حسین علیه السلام شامل مباحثی چون زیارت و عزاداری امام حسین علیه السلام، فلسفه زیارت و نقش زیارت در جاودانگی حماسه حسینی

3. زیارت اربعین، شامل مباحثی مانند ویژگی عدد اربعین، اهمیت اربعین، تاریخچه ازیارت اربعین، تبیین آموزه های برجسته در زیارت اربعین و در نهایت ذکر برخی از آثار و ظرفیت های فرهنگی، اجتماعی و سیاسی پیاده روی اربعین.